インボイス制度が開始された後、立替金の仕入税額控除を受けるためには「立替金精算書」が必要になります。立替金精算書とは、適格請求書が仕入税額控除を受ける側の立替金であることをを証明するためのものです。主に3社間で取引が行われた場合などが、該当します。
立替金精算書の交付方法の詳細については以下に記載されておりますので是非ご覧ください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/s05.pdf
※国税庁ホームページより